WebSphere поддерживает два стека веб-сервисов: JAX-RPC и JAX-WS. JAX-WS (более современная одна из двух) разработана таким образом, что код приложения переносимый и не имеет каких-либо зависимостей от классов, специфичных для контейнера. С другой стороны, JAX-RPC сильно зависит от генерации кода, и хотя он стандартизован, сгенерированный код будет иметь зависимости от классов, специфичных для контейнера. Веб-сервисы на основе JAX-RPC по-прежнему переносятся в некоторой степени, но вам необходимо восстановить сгенерированный код при переходе от одной реализации к другой.
Вы упомянули, что существующий код «использует специфический API WebSphere, такой как WebSphere Stub, base64». Это говорит о том, что ваше приложение использует JAX-RPC. Если ваша цель - перенести этот код на Tomcat без перезаписи полностью , то наиболее экономичным способом будет использование JAX-RPC-реализации на Tomcat, например Axis 1.4. В этом случае восстановление соответствующего кода с помощью инструмента Axis 1.4 должно позволить вам избавиться от зависимостей WebSphere.