Ненавижу, чтобы ответить на мой собственный вопрос, но нашел ответ на мой вопрос.
Оказывается, эти настройки могут быть включены в вашу резервную копию, вам просто нужно перейти к:
Virtualmin -> Backup & Restore -> Backup Virtual Servers
Оттуда вы выпадаете Функции и настройки и убедитесь, что выбрано Резервное копирование по расписанию Virtualmin (в настройках Virtualmin для резервного копирования)
Надеюсь, это поможет кому-то еще вырвать волосы!