Не может действительно сообщить вам о добавлении Первичных ключей, не зная больше о базе данных и что еще использует его и используете ли вы сложные области, чтобы определить уникальный ряд в столе или никакие ключи вообще...
Почему вы решили использовать EF? Есть ли что-то в особенности, что вы хотите от него?
Возможно, с проблематичным db, вы могли использовать картопостроитель данных вместо этого, например, Щеголеватый.
http://code.google.com/p/dapper-dot-net/