Импортируйте файл как отдельный стол, и можно сделать все обновления оттуда. В зависимости от вашей версии SQL-сервера можно быть в состоянии использовать СЛИЯНИЕ заявление. Не должно занимать слишком много времени поднимать вставку и заявление обновления.
Что-то вроде этого для обновления:
UPDATE o
SET name = i.name
FROM originaltablename o
INNER JOIN importedexceltablename i
ON o.GroupID = i.GroupID
WHERE o.name <> i.name
И что-то вроде этого для вставки:
INSERT INTO originaltablename
SELECT i.*
FROM importedexceltablename i
LEFT JOIN originaltablename o
ON o.GroupID = i.GroupID
WHERE o.GroupID IS NULL
Будьте осторожны, хотя, это - просто пример, чтобы получить вас идущий, поскольку вы не дали достаточно информации для надлежащего решения.