«Асимметричная» матрица попарного расстояния

Предположим, что существует три последовательности: a, b и c. Традиционно получившаяся 3-на-3 матрица попарного расстояния симметрична , что указывает на то, что расстояние от a до b равно расстоянию от b до a.

Мне интересно, может ли TraMineR каким-то образом создать матричную парную матрицу асимметричную .

6
nl ja de

1 ответы

Нет, TraMineR не дает «асимметричных» различий именно по причинам, указанным в комментарии Пата.

Основной интерес к вычислению попарных различий между последовательностями состоит в том, что, как только мы имеем такие различия, мы можем, например

  • измерять несоответствие между последовательностями, определять окрестности, находить медоиды, ...
  • запустить кластерные алгоритмы, самоорганизующиеся карты, MDS, ...
  • сделать ANOVA-подобный анализ последовательностей
  • растут деревья регрессии для последовательностей

Ввод несимметричной матрицы различий в этих процессах, скорее всего, приведет к возникновению нерелевантных результатов.

Именно из-за этого требования к симметричности затраты на замещение, используемые для вычисления расстояний оптимального соответствия, ДОЛЖНЫ быть симметричными. Важно не интерпретировать затраты на замещение как стоимость перехода от одного состояния к другому, а понимать их для того, что они есть, т. Е. Изменять затраты. При сравнении двух последовательностей, например aabcc и aadcc , мы можем сделать их равными либо путем замены произвольно b на d в первом, либо < code> d с b во втором. Тогда не имело бы смысла не давать одинаковых затрат для двух подстановок.

Надеюсь это поможет.

6
добавлено
Большое вам спасибо за ваше замечательное объяснение! Однако, если мое понимание правильное, я нахожу бумагу, в которой производится асимметричная матрица парного расстояния, а затем она используется для анализа кластеризации. Они каким-то образом назначают разные веса для вставки и удаления и используют алгоритм кластеризации Тейлор-Бутина с асимметричной матрицей расстояний. Документ «Включает последовательную информацию в традиционные модели классификации, используя элемент/чувствительный к положению SAM», написанный Анитой Принц и Дирк Ван ден Поэль.
добавлено автор POTENZA, источник