Кодекс, который вы предоставили в своем вопросе уже, делает точно , что вы говорите, что хотите, чтобы он сделал:
'I like """"orange"""" and ""apple""'.replace(/""/g,'"');
// Returns:
'I like ""orange"" and "apple"'
'""'.replace(/""/g,'"');
// Returns:
'"'
'""""'.replace(/""/g,'"');
// Returns:
'""'
Если вы не пропускаете некоторую информацию в своем вопросе, нет ничего, чтобы решить.
поэтому, я полагаю, что проблема находится где-то в другом месте в вашем коде.