Нет четкого ответа на то, что «лучше» использовать. Если вы только начинаете, просто выберите один и идите. Cowboy и Yaws находятся под самым активным развитием как «полнофункциональные» веб-серверы Erlang, поэтому, если ваше ограничение - использовать Windows, просто используйте Cowboy.
Каждый сервер имеет свою собственную конфигурацию для настройки, и если вам удобнее настраивать и разрабатывать для одного, Nitrogen предоставляет механизм для использования вашего сервера по своему выбору.
Что касается не предоставления загрузки Windows для Nitrogen/Yaws, Yaws не выполняется в «чистом erlang» (есть некоторые файлы C, которые нужно компилировать), и, как результат, компилирование Yaws на Windows и так, чтобы просто получить сборку там, Yaws остался. Достаточно времени было потрачено на оптимизацию сборки Nitrogen в Windows, и я просто не собирался тратить больше времени, пытаясь заставить Yaws работать с Nitrogen на Windows. Я хотел, чтобы релиз был сделан, и поэтому Yaws остался на обочине будущей версии.